Первые христианские миссионеры посетили Японию в 16 в., большая часть из них были католики из Португалии, однако по причине участия в политике сегуната вскоре были изгнаны из страны.
Когда через 200 лет Япония открылась для внешнего мира, стать христианином могли только представители высшего сословия. Знакомство Японии с православной верой произошло в 1860-х годах, когда в страну восходящего солнца с миссионерской целью прибыл будущий святитель Николай Японский (Касаткин).
Среди студентов духовный учебных заведений только один решился разделить труды Николая Касаткина. На изучение японского языка ушло 8 лет, после чего, он будучи настоятелем консульской церкви, смог начать миссионерскую деятельность приведшую ко Христу многих японцев. Первые кто услышал слово о Едином, Истинном Боге - были самураи.
Такума Савабе будучи самураем и членом тайного общества, целью которого было изгнать иностранных христиан из Японии пришел за жизнью Николая Касаткина, но пообщавшись с ним стал первым православным христианином в стране. После этого Такуму приговорили к казни во время его пребывания в тюрьме, но наступившие реформы Мейдзы ослабили негативное отношение законодательства к христианству и он был освобождён, после чего принял священнический сан.
Большинство из принявших православие в тот период происходили их самурайского сословия, поступок Савабэ для многих стал примером. После 1686 г. многие из них разбежались по стране, принеся Евангельскую весть в новые места Японии.
Не смотря, на указанные послабления, официальное снятие ограничений на совершение богослужений произошло после 2-й мировой войны, что было закреплено в 20-й статье Конституции Японии в 1947 г.
Сегодня в Японии существуют 3 епархии и 150 приходов. Количество православных христиан достигает 36 тыс. человек. Духовенство Японской Православной Церкви – японского происхождения, обучавшиеся в Токийской семинарии. В 1971 – м году Московский Патриархат предоставил Японской Православной Церкви автономию.
Николай Касаткин был причислен к лику святых в 1971 г.
